地方政府与城乡治理研究院下设六个研究中心，分别为：党风廉政研究与评价研究中心、城市治理创新研究中心、公益彩票研究中心、特色小镇与产业创新研究中心、智慧城市与应急管理研究中心、现代乡村规划研究中心。
党风廉政研究与评价研究中心
从政治合法性、执政与行政的关系、政府与市场、社会关系等涉及政府廉政与勤政的重大理论问题展开研究，紧密结合“互联网+”、共享经济等时代新元素，注重地方政府廉政建设改革实践和廉洁度评价的理论探索和技术创新，为公共管理其它方向的研究提供理论和方法支撑。
研究重点：1.中外廉政政府建设的比较研究；2.中国特色的廉政指数研究；3.预算国家构建和廉政政府建设研究；4.共享经济模式下的反腐工作新问题及其对策研究；5.协同廉政勤政的激励机制和保障机制研究。
城市治理创新研究中心
秉持国际视野、本土关怀、问题导向、立足实践的学术理念，基于坚实的经济学和管理学基础，充分借助科学技术手段，为城市治理现代化提供及时理论回应和精准解决方案。在公共管理学科的背景下，引入空间的尺度去分析城市治理的问题。高度重视福利理论与可持续生计分析框架等在城市空间治理中的运用，关注于城市空间与人的发展这一根本问题。
重点研究：1.转型期特征与城市发展的内在关系及其治理策略；2.城市土地利用与居民福利关系；3.城镇化要素的空间分布与人的城镇化。
公益彩票研究中心
关注社会保障的理论研究，也关注社会保障政策与方法研究；既研究国外社会保障制度的经验与教训，也在借鉴的基础上研究中国社会保障制度的改革与发展；既重点研究当前中国社会保障制度设计中存在的诸多问题，也前瞻性地关注中国社会保障未来制度建设的探究；既重视微观领域研究，也重视宏观顶层设计研究。
研究重点：1.中外慈善比较与公益事业发展；2.公益彩票的社会效益和社保作用；3.养老保障与长期护理保险；4.劳动就业与工伤保险。
特色小镇与产业创新研究中心
以浙江特色小镇建设浪潮为研究起点，追求实用性。把特色小镇与产业创新相结合，探索特色小镇背后产业创新的机制，是对产业创新理论和产业创新政策理论在新形势下的拓展，具有前沿性、科学性和创新性。
重点研究：1.特色小镇建设进程中的协同治理体制机制创新；2.“互联网+”背景下特色小镇产业特色;3.生态、生产、生活协调发展的生态化协同的特色小镇建设。
智慧城市与应急管理研究中心
关注中国快速城市化与转型时期，城乡发展中累积的社会风险与自然灾害、人为灾害对城乡发展带来的挑战。基于虚拟仿真与智慧城市大数据研究，探索城乡社会风险生成机理，研发减灾防灾以及智慧水务技术，优化应急管理体系，提升政府的风险治理能力，以有效地支撑智慧城市建设与可持续城市化。
重点研究：1.城乡社会风险过程模拟与应急管理；2.城乡减灾防灾技术研发与应急管理；3.智慧水务与城市应急管理；4.智慧城市虚拟仿真与大数据应用。
现代乡村规划研究中心
聚集于古村落规划与设计，从“人文”理念出发、 “可持续”理念出发、“遗产保护”理念出发，从“古村+制度”、“古村+文旅”、“古村+众创”、“古村+公益”多维度开展研究，探索从古村的“文化”到“价值”再到“市场”路径，破解古村落保护与活化的矛盾。
研究重点：1.现代乡村规划与设计研究；2.古村落保护与活化研究；3.美丽乡村环境建设。
